睡醒后眼睛肿疼可能由以下原因引起：
1.用眼过度：长时间使用电子设备、阅读或熬夜等，可导致眼睛疲劳和肿胀。
2.过敏：对化妆品、洗发水、空气污染物等过敏，可能引起眼睛肿胀和疼痛。
3.感染：如结膜炎、麦粒肿等眼部感染，可导致眼睛红肿、疼痛、分泌物增多等症状。
4.睡眠不足：睡眠不足或质量差，可导致眼睛周围血液循环不畅，引起肿胀和疼痛。
5.饮食因素：睡前大量饮水或食用高盐食物，可导致体内水分潴留，引起眼睛肿胀。
6.眼部损伤：如揉眼、碰撞等，可导致眼部组织受损，引起肿胀和疼痛。
7.系统性疾病：如肾脏疾病、心脏病等，也可能导致眼睛肿胀和疼痛。
如果睡醒后眼睛肿疼持续不缓解或伴有其他症状，如视力下降、眼红、分泌物增多等，建议及时就医，进行相关检查和治疗。同时，应注意保持良好的用眼习惯，避免熬夜和过度用眼，保持眼部清洁，避免揉眼，饮食清淡，睡前避免大量饮水和食用高盐食物。