早上起床脸肿眼睛肿可能由以下原因引起：
一、急性肾炎。患者若患有急性肾炎，通常会出现局部疼痛、胀热等不适症状，且部分患者会有脸肿眼睛肿表现，在早上起床时尤其显著。这是因为急性肾炎会影响肾脏的正常功能，导致水钠潴留，从而引起颜面及眼部的水肿。
二、结膜炎。当细菌侵入患者眼部引发结膜炎时，眼睛结膜中的小血管发炎会变粗变红，肉眼可见更为明显。严重情况下还可能致使患者早上起床后脸肿眼睛肿。针对这种情况，可在医生指导下使用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。
三、缺铁性贫血。早上起床脸肿眼睛肿也有可能是缺铁性贫血导致的。如果患者患有缺铁性贫血，会造成局部血液循环不畅，进而出现此类不良症状。此时可及时在医生指导下使用硫酸亚铁、右旋糖酐铁等药物进行改善。
总结提示：早上起床脸肿眼睛肿可能是多种疾病导致的，当出现这种情况时要及时就医，明确具体原因并进行针对性治疗。