毛囊炎可以使用的药膏种类较多，一般根据病情选择，常见的有抗生素类药膏等。比如细菌感染引起的毛囊炎，常用莫匹罗星软膏等，一般连续使用数天可能会有改善。
抗生素类药膏
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的感染，对毛囊炎常见的金黄色葡萄球菌等有抑制作用。它能阻碍细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌功效。一般皮肤清洁后，取适量涂抹在患处，一天涂抹2 - 3次。但要注意，对莫匹罗星或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的葡萄球菌有较好的抗菌活性。可抑制细菌的合成过程，从而起到杀菌消炎的作用。使用时直接涂于患处，一日2 - 3次，连续使用一般不超过2周。不过，孕妇及哺乳期妇女需在医生指导下使用。
抗真菌类药膏
酮康唑乳膏： 如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的，酮康唑乳膏就比较适用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。使用时清洗患处后，薄涂本品并轻轻搓揉，一日1 - 2次。需要注意的是，对酮康唑、咪唑类药物过敏者禁用，避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等）。特比萘芬乳膏： 也是针对真菌感染的药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯堆积，导致真菌死亡。用法是局部外用，取适量涂于患处及其周围，一日1次。孕妇及哺乳期妇女慎用，避免长期大面积使用。
中药类药膏
如意金黄散： 外用时以醋、茶、蜂蜜或植物油调敷，有清热解毒、消肿止痛的作用，可用于热毒瘀滞肌肤引起的毛囊炎。使用时要注意，皮肤破溃处禁用，对本品过敏者禁用。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，可消炎、防腐及消肿。适用于疖肿等毛囊炎相关情况。使用时局部外用，一日2次。但要注意，不得用于皮肤破溃处，避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等）。