头皮毛囊炎通常可以外用抗生素类药物来治疗，比如莫匹罗星软膏，一般连续使用几天到一周左右可能会有改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 它对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能抑制细菌蛋白质的合成，从而起到杀菌作用，可用于治疗细菌感染引起的头皮毛囊炎。一般局部外用，将药膏涂于患处，每天3次左右。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌效果，能渗透进入皮肤，发挥抗菌作用，涂抹在头皮毛囊炎患处，一天使用2 - 3次。
抗真菌类药物
酮康唑洗剂： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的，酮康唑洗剂就比较适用。它可以抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢，每周使用2 - 3次，洗头后让洗剂在头皮上停留几分钟再冲洗掉。特比萘芬喷雾剂： 对于真菌性头皮毛囊炎有一定疗效，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌细胞壁的合成，直接喷在头皮患处，一天可使用1 - 2次。
中药类外用药
如意金黄散： 这是一种中药制剂，有清热解毒、消肿止痛的作用。可以用醋或蜂蜜等调成糊状，涂在头皮毛囊炎患处，能减轻红肿疼痛等症状，每天可涂抹2 - 3次。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能起到消炎、消肿、防腐的作用，适用于头皮毛囊炎初期红肿阶段，涂抹在患处，一天1 - 2次，但要注意皮肤有破损时不宜使用。在使用药物治疗头皮毛囊炎时，要注意保持头皮清洁卫生，避免搔抓头皮，防止感染加重。如果头皮毛囊炎情况比较严重，比如范围大、症状持续不缓解等，可能还需要结合口服药物治疗，不过具体用药要在医生的指导下进行，不同情况用药选择会有所不同。