毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般来说，外用药物是常用的治疗方式。比如轻度毛囊炎，可外用莫匹罗星软膏等，通常使用几天到一周左右可能会有改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对毛囊炎常见的金黄色葡萄球菌等有抗菌作用。它可以直接涂抹在患处，能抑制细菌的生长繁殖。使用时要注意清洁皮肤后再涂抹，保持局部干燥。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的细菌也有较好的抗菌活性。它能干扰细菌蛋白质的合成，从而发挥杀菌作用。一般每天涂抹2 - 3次，连续使用一段时间观察效果。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。它可以抑制真菌细胞膜的合成，起到抗真菌的效果。使用时要均匀涂抹在受感染的部位，坚持使用几周。特比萘芬乳膏： 同样针对真菌感染引起的毛囊炎，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成，达到抗真菌的目的。涂抹方法与其他外用乳膏类似，按需使用。
中药类外用药
金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的作用。可以用醋或蜂蜜调成糊状后敷在毛囊炎患处，能缓解红肿热痛等症状。一般每天敷1 - 2次，根据病情调整使用频率。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能起到消肿、消炎、防腐的作用。对于有化脓倾向的毛囊炎有一定帮助，涂抹在患处后能促进炎症的消退。使用时要注意如果皮肤有破损就不宜使用。