会厌囊肿的治疗方式需根据囊肿大小、症状等情况来定。一般较小且无症状的会厌囊肿可先观察，而较大或有症状的可能需要手术治疗。
观察等待情况
无症状小囊肿： 如果会厌囊肿比较小，患者也没有任何不适症状，比如没有喉咙异物感、吞咽困难、呼吸困难等情况，通常可以选择观察等待。医生会建议定期复查，比如每隔3 - 6个月做一次喉镜检查，观察囊肿的变化情况。在此期间，患者要留意自身是否出现新的不适症状，一旦有异常要及时就医。
手术治疗情况
支撑喉镜下囊肿切除术： 这是较为常用的手术方式。对于较大的会厌囊肿，或者囊肿虽然不大但引起了明显症状，像吞咽时明显异物感、说话含糊不清甚至影响呼吸等情况，多会采用这种手术。手术是在支撑喉镜下，用器械将囊肿切除。一般来说，术后恢复需要1 - 2周左右，在恢复期间要注意保持口腔清洁，饮食上要吃温凉、细软的食物，避免食用辛辣、刺激性强的食物，防止刺激伤口。激光辅助会厌囊肿切除术： 利用激光的能量来切除会厌囊肿。这种方法相对来说创伤可能更小一些，术后恢复可能会更快些。不过，术后也需要遵循相应的注意事项，比如按照医生要求进行口腔护理，避免感染等情况发生。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童患会厌囊肿时，家长要更加留意孩子的呼吸情况。如果孩子出现呼吸急促、呼吸困难等表现，要立即带孩子就医。因为儿童的气道比较狭窄，会厌囊肿可能更快地影响呼吸。治疗时要根据儿童的具体情况，由医生权衡手术等治疗方式的风险和收益来制定合适的方案。老年患者： 老年患者如果有基础疾病，比如高血压、糖尿病等，在治疗会厌囊肿前，需要将基础疾病控制在相对稳定的状态。因为手术等治疗可能会对身体有一定的影响，控制好基础疾病能降低手术风险。比如糖尿病患者要将血糖控制在合适范围，高血压患者要将血压控制在平稳水平后再考虑是否进行手术等治疗。