慢性肠胃炎患者用药需根据具体症状来选择。一般来说，常用的药物有抑酸剂、胃黏膜保护剂等。比如质子泵抑制剂中的奥美拉唑，能有效抑制胃酸分泌，缓解因胃酸过多引起的胃痛等症状。
抑酸类药物
质子泵抑制剂：像奥美拉唑，它可以抑制胃壁细胞上的质子泵，从而减少胃酸分泌，一般能持续抑制胃酸分泌24小时以上，对缓解慢性肠胃炎患者因胃酸刺激胃黏膜导致的烧心、反酸等症状有较好效果。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，它能选择性地竞争结合胃壁细胞上的H₂受体，使胃酸分泌减少，作用时间可持续12小时左右，也可用于慢性肠胃炎伴有胃酸过多情况的治疗。
胃黏膜保护剂
铝碳酸镁：它可以迅速中和胃酸，并且在胃黏膜表面形成一层保护膜，覆盖在受损的胃黏膜上，阻止胃酸、胆汁等对胃黏膜的进一步刺激，一般服用后半小时左右就能发挥作用，能缓解胃痛、胃胀等不适。硫糖铝：服用后在胃内酸性环境下形成凝胶样物质，附着于胃黏膜表面，保护胃黏膜免受损伤，有助于慢性肠胃炎患者受损胃黏膜的修复，但服用时需注意需空腹服用效果更佳。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片：其中含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善慢性肠胃炎患者肠道功能紊乱的情况，一般建议冷藏保存，以保证药物活性。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：可以促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，维持肠道微生态平衡，对于慢性肠胃炎引起的腹泻、腹胀等症状有一定的调节作用，服用时用温水送服，避免温度过高破坏药物中的活菌。