精子稀少的主要原因有多种。一般来说，内分泌因素是常见原因之一，像垂体功能减退等疾病会影响激素分泌，进而影响精子生成。比如，下丘脑 - 垂体 - 睾丸轴功能紊乱，促性腺激素分泌异常，就可能导致精子数量减少。
生殖系统疾病因素
附睾炎：附睾是储存和输送精子的重要器官，当发生附睾炎时，炎症会影响精子的生成和存活环境，导致精子稀少。附睾炎多由细菌感染引起，如大肠杆菌等。精索静脉曲张：这也是导致精子稀少的常见原因。精索静脉曲张会使阴囊内温度升高，影响睾丸的生精功能。据统计，约有39%的男性不育症是由精索静脉曲张引起的，其中部分原因就是精索静脉曲张导致精子稀少。
生活方式因素
长期吸烟酗酒：香烟中的尼古丁等有害物质会影响精子的生成和活力，酒精也会对睾丸的生精功能造成损害。长期吸烟的男性精子数量比不吸烟的男性平均要少10%左右，长期大量酗酒的男性，精子畸形率会明显升高，同时精子数量也会减少。高温环境影响：长期处于高温环境中会抑制精子的生成。比如长期穿紧身裤、泡热水澡、长时间处于高温工作环境等，都可能使阴囊温度升高，不利于精子的产生。研究发现，当阴囊温度持续高于38℃时，精子生成会受到明显抑制。
免疫系统因素
自身免疫性不育：人体的免疫系统有时会错误地攻击自身的精子，引发自身免疫性不育，导致精子稀少。例如，抗精子抗体的产生，会阻碍精子的正常活动和受精过程，同时也会影响精子的生成数量。