肾结石形成的原因较多，其中代谢异常是常见因素之一。例如尿液中钙、草酸、尿酸等物质浓度过高，就容易析出形成结石。像尿液中钙排泄量增加，超过了尿液的承载能力，就可能逐渐形成含钙的肾结石。
代谢因素相关
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高，而枸橼酸、镁等抑制结石形成的物质浓度降低时，就容易形成结石。比如尿钙增高，持续的高尿钙状态会使尿液中钙盐沉积，增加肾结石风险。尿量过少： 人体每天需要保证足够的尿量来稀释尿液中的成石物质。如果每天尿量少于1000 - 1500毫升，尿液中结石相关成分的浓度就会相对升高，更容易析出形成结石。
局部因素相关
尿路感染： 尿路感染会改变尿液的成分，细菌、感染产物等还可能作为核心，促使结石形成。例如一些细菌感染产生的物质会促进晶体在局部沉积，引发结石。尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，尿液在局部潴留，使得尿液中的成石物质更容易沉积下来形成结石。像输尿管狭窄、前列腺增生等原因引起的尿路梗阻，都可能增加肾结石发生的几率。
其他因素相关
饮食因素： 长期高嘌呤饮食会使尿酸生成增多，增加尿酸结石风险；长期高草酸饮食，如大量食用菠菜、苋菜、巧克力等富含草酸的食物，会使尿草酸排出增加，容易形成草酸钙结石。药物因素： 某些药物也可能导致肾结石形成，比如长期服用维生素C，过量的维生素C会在体内代谢为草酸，增加尿草酸含量；还有一些利尿剂等药物，可能影响尿液的成分和排泄，进而促进结石形成。