肾结石形成的原因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是关键。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易形成肾结石。一般来说，尿液中晶体物质浓度升高或溶解度降低，呈过饱和状态，析出结晶，在肾脏内积聚就可能形成肾结石。
代谢异常导致
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增多时，就容易形成肾结石。例如，尿钙排泄增多，就会使尿液中钙的浓度升高，增加钙盐结晶形成的风险。据统计，约有60%的肾结石患者存在尿液成分异常的情况。肠道吸收钙增多： 一些胃肠道疾病会导致肠道对钙的吸收增多，进而使血钙升高，尿钙排出量随之增加，为肾结石的形成创造条件。比如，患有空肠回肠旁路手术史的患者，肠道对钙的吸收机制发生改变，更容易出现尿钙增多的情况。
局部因素影响
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，尿液在肾脏内潴留，使尿液中的晶体物质更容易沉积下来，从而形成肾结石。像肾盂输尿管连接处狭窄、尿道狭窄等情况，都可能引起尿路梗阻。据临床观察，约有30%的肾结石患者存在尿路梗阻的问题。感染因素： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，容易形成肾结石。而且，感染还会改变尿液的成分和酸碱度，进一步促进结石的形成。例如，变形杆菌等细菌能将尿素分解为氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。
生活方式相关
饮水不足： 每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质的浓度升高，增加肾结石的发生风险。研究表明，饮水少的人群患肾结石的概率比饮水多的人群高约50%。饮食不均衡： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也容易引发肾结石。比如，大量摄入菠菜、苋菜等富含草酸的食物，会使尿液中草酸含量升高；长期吃动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增多，增加尿酸结石形成的可能。此外，长期摄入过多的蛋白质，也会使尿钙、尿酸、草酸的排出增加，促进肾结石形成。