女性早上起来腰酸痛需要依据发生频率来判断原因。偶尔发生可能是前一天剧烈运动或重体力活动致乳酸堆积，或是月经来临。但若经常出现，则要警惕运动系统或泌尿生殖系统等疾病，应到医院做相应检查明确。
一、运动系统疾病：
1.腰肌劳损：女性若长期从事弯腰体力工作或长期久坐，腰肌无法放松休息，就可能引发腰肌劳损，从而出现早上起来腰酸痛的情况。严重时会发展为腰背肌筋膜炎，属于无菌性炎症，除早上腰酸痛外，还会有僵硬等不适，日常弯腰时疼痛加剧。
2.腰椎退行性病变：患者年龄较大或既往腰椎过度磨损，通常会导致腰椎出现退行性病变，如腰椎间盘突出、腰椎骨质增生、腰椎滑脱等一系列异常，进而引起早上起来腰酸痛。早期症状可能不明显易被忽视，后期可能加重为腰酸背痛、坐骨神经痛甚至行走出现跛行，建议尽早检查治疗。
3.类风湿关节炎：患者除手指、脚趾、肘关节、膝关节等关节部位红肿、疼痛外，还可能伴有腰酸痛症状。
4.外伤后遗症：患者既往有腰部外伤史，即便治愈也可能遗留早上起来腰酸痛等不适症状。
二、泌尿生殖系统疾病：
1.慢性输卵管炎：多因外阴卫生不洁、性生活不洁等致细菌逆行感染引起，早期患者可能表现为早上起来腰酸痛、下腹部坠胀、腰骶部疼痛等，还伴有白带增多、痛经等情况。应尽早检查并治疗。
2.卵巢囊肿：受饮食、环境以及既往妇科疾病手术史等影响，卵巢感染且卵细胞无法排出会形成囊肿。患者可表现为早上起来腰酸痛以及下腹部酸痛、坠胀感，伴有性交痛等症状。
3.泌尿系统结石：是指尿路中的无机盐或有机盐类结晶形成凝结物即结石或多量结晶刺激尿路黏膜导致出血、炎症和阻塞的一种泌尿器官疾病，可伴有小便异常、腰部酸痛等症状。
4.其他：如盆腔炎、输卵管积水、盆腔结缔组织炎等，均可能在不同程度上引起腰酸痛，同时伴有其他腰腹部症状。
总之，女性早上起来腰酸痛的原因多样，要根据具体情况进行分析判断，必要时及时就医检查，以便明确原因并采取相应的治疗措施。