室间隔缺损有一定自愈的可能，尤其是小型室间隔缺损，约有20%~50%的患儿在5岁前可自愈。
缺损大小与自愈的关系
小型室间隔缺损： 直径小于0.5厘米的室间隔缺损，自愈的可能性相对较大。这类缺损对心脏血流动力学影响较小，随着孩子生长发育，心脏组织有自行修复闭合的机会。中型室间隔缺损： 直径在0.5~1.0厘米之间的室间隔缺损，自愈的概率相对小型缺损要低一些，但也存在一定自愈可能。大型室间隔缺损： 直径大于1.0厘米的室间隔缺损，自愈的可能性较小。这类缺损对心脏功能影响较大，一般很难自行闭合。
不同年龄阶段的自愈情况
婴幼儿期： 对于新生儿或婴儿时期发现的室间隔缺损，有一定的自愈几率。在1岁以内，尤其是半岁以内，要密切随访心脏超声，观察缺损是否有闭合趋势。学龄前儿童： 3~5岁这个阶段，如果室间隔缺损还没有闭合，后续自愈的可能性会逐渐降低，但也不是绝对没有。如果到了学龄前期仍未闭合，自行闭合的概率就比较小了。
伴随症状与自愈的关联
无症状的室间隔缺损： 如果孩子没有明显的呼吸困难、生长发育迟缓等症状，单纯的室间隔缺损自愈的机会相对较高。因为没有症状说明心脏功能还没有受到明显影响，心脏组织有条件进行自我修复。有症状的室间隔缺损： 当孩子出现反复呼吸道感染、生长发育落后、呼吸急促等症状时，说明室间隔缺损对心脏功能已经产生了一定影响，这时候自愈的可能性会降低。因为心脏长期处于异常的血流动力学状态，不利于缺损的自行闭合。