肛瘘若要治愈必须进行手术治疗，不能不手术，但手术时间可依患者病情状况来决定。若处于疾病稳定期，可暂时不手术处理；若处于疾病发作期，则需手术处理。
一、处在疾病稳定期：部分患者在此阶段可能毫无症状表现，此时可暂不进行手术处理，但建议遵医嘱进行药物治疗。比如可使用高锰酸钾溶液坐浴，或用中药液熏洗。
二、处在疾病发作期：此时患者会出现累及部位疼痛、肿胀、流脓等情况，需要在机体能耐受手术的前提下进行手术治疗，包含肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。若不手术，可能导致肛门持续出现脓性分泌物，还会累及周围皮肤引发湿疹，甚至造成全身感染。对于手术患者，术后要注重创面护理，还需保证每日排便。为避免大便干硬影响排便，可在饮食上做出调整，建议以流食或半流食为主，能增加粪便中的水分。恢复过程中除上述要点外，还明确要避免久坐或长时间站立，以防疾病复发。
总之，肛瘘的治疗要根据病情所处阶段来合理安排，稳定期可先药物处理并观察，发作期则应及时手术，术后要做好各方面护理以促进康复和防止复发。