治疗角膜炎没有绝对最好的眼药水，需根据病因选择。细菌性角膜炎常需用抗生素类眼药水，比如左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻止细菌DNA合成，从而发挥抗菌作用，一般使用后数小时到1 - 2天可见症状改善。病毒性角膜炎多选用抗病毒眼药水，像更昔洛韦滴眼液，可竞争性抑制病毒DNA聚合酶，阻碍病毒DNA合成，帮助抑制病毒复制，通常用药后1 - 3天能缓解不适。
细菌性角膜炎常用眼药水
氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制来杀菌，对多种引起角膜炎的细菌有抑制作用，使用时需遵医嘱，一般每天用药数次。妥布霉素滴眼液： 氨基糖苷类抗生素，能与细菌核糖体30S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成，对革兰阴性菌和阳性菌都有一定抗菌活性，用药间隔等要按医生要求。
病毒性角膜炎常用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 核苷类抗病毒药，被病毒胸腺嘧啶激酶磷酸化后，抑制病毒DNA多聚酶，阻止病毒DNA合成，从而发挥抗病毒功效，通常需要规律用药数天到数周。干扰素滴眼液： 可诱导宿主细胞产生抗病毒蛋白，抑制病毒复制，增强机体抗病毒能力，使用时要注意保存条件等。
真菌性角膜炎常用眼药水
那他霉素滴眼液： 多烯类抗真菌药，能与真菌细胞膜上的麦角固醇结合，改变细胞膜通透性，导致细胞内物质外漏，抑制真菌生长，一般需要较长疗程使用，且用药过程中需密切监测眼部情况。氟康唑滴眼液： 三唑类抗真菌药，抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇合成，起到抗真菌作用，使用频率等需遵循医嘱。不同类型的角膜炎病因不同，所以要准确判断病因后选择合适的眼药水。同时，使用眼药水时要注意正确的滴眼方法，避免污染眼药水，而且在用药过程中如果出现眼部不适加重等情况，要及时就医调整治疗方案。