肠镜检查能发现多种肠道疾病，比如大约80%的大肠癌可以通过肠镜检查发现。
一、筛查肠道肿瘤
肠道息肉筛查： 肠镜可清晰看到肠道内是否有息肉，尤其是腺瘤性息肉，这是癌前病变，及时发现并切除能预防肠癌。一般建议45岁以上人群定期做肠镜筛查，有家族肠癌史的人可能需要更早开始检查。肠癌诊断： 对于出现便血、大便习惯改变（如腹泻、便秘交替）、腹痛等症状的患者，肠镜能直接观察肠道内病变情况，取组织活检明确是否为肠癌。
二、检查炎症性肠病
溃疡性结肠炎： 肠镜下可见肠道黏膜充血、水肿、糜烂、溃疡等改变，能帮助医生判断病情严重程度和病变范围。患者会有腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状，通过肠镜检查可与其他肠道疾病鉴别。克罗恩病： 肠镜能发现肠道黏膜的纵行溃疡、鹅卵石样改变等特征性表现，有助于诊断克罗恩病，该病常导致肠道狭窄、瘘管形成等并发症。
三、排查肠道出血原因
不明原因消化道出血： 当出现便血但来源不明确时，肠镜检查可以进入肠道，观察肠道内有无出血病灶，如血管畸形、溃疡等引起的出血。例如，有些患者反复出现黑便，但胃镜检查未发现上消化道出血病灶，此时肠镜检查就很有必要。下消化道出血： 来自回肠末端及以下肠道的出血，肠镜可以直接到达该部位进行检查，明确出血的原因是血管破裂、炎症还是肿瘤等。