肠镜能检查的疾病主要包括以下几类：
1.肠道炎症性疾病：如溃疡性结肠炎、克罗恩病等。
溃疡性结肠炎：是一种病因尚不明确的直肠和结肠慢性非特异性炎症性疾病，病变主要局限于大肠黏膜及黏膜下层。临床表现为腹泻、黏液脓血便、腹痛。病情轻重不等，多呈反复发作的慢性病程。
克罗恩病：是一种病因尚不明确的胃肠道慢性炎性肉芽肿性疾病，多见于末段回肠和邻近结肠，但从口腔至肛门各段消化道均可受累，呈节段性或跳跃式分布。临床表现为腹痛、腹泻、瘘管形成和肠梗阻，伴有发热、营养障碍等全身表现以及关节、皮肤、眼、口腔黏膜等肠外损害。
2.肠道肿瘤：如结肠癌、直肠癌等。
结肠癌：是常见的发生于结肠部位的消化道恶性肿瘤，好发于直肠与乙状结肠交界处，以40～50岁年龄组发病率最高，男女之比为2～3：1。早期可以没有任何症状，中晚期可表现为腹胀、消化不良，而后出现排便习惯改变，腹痛，黏液便或黏血便。肿瘤溃烂、失血、毒素吸收后，常出现贫血、低热、乏力、消瘦、下肢水肿等症状。
直肠癌：是胃肠道中常见的恶性肿瘤，发病率仅次于胃和食管癌，是大肠癌的最常见部分（占60%左右）。直肠癌位置低，容易被直肠指诊及乙状结肠镜诊断。但因其位置深入盆腔，解剖关系复杂，手术不易彻底，术后复发率高。中下段直肠癌与肛管括约肌接近，手术时很难保留肛门及其功能是手术的一个难题，也是手术方法上争论最多的一种疾病。
3.肠道息肉：肠镜可以发现并切除较小的息肉，以预防息肉恶变。
结直肠息肉：是所有向肠腔突出的赘生物总称，包括肿瘤性和非肿瘤性，前者与癌发生关系密切，是癌前期病变，后者与癌发生关系较少。其临床表现因数量、大小、部位及性质不同而不同。
4.肠道出血：肠镜有助于明确出血的部位和原因。
消化道出血：是临床常见症候群，可由多种疾病所致。消化道是指从食管到肛门的管道，包括胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠及直肠。上消化道出血指出血部位在屈氏韧带以上的食管、胃、十二指肠、胆管和胰管。屈氏韧带以下的肠道出血称为下消化道出血。
5.其他疾病：如肠结核、肠易激综合征等。
肠结核：是由结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染。绝大多数继发于肺结核，特别是开放性肺结核。消化道症状主要有腹痛、腹泻、便秘等。
肠易激综合征：是一组持续或间歇发作，以腹痛、腹胀、排便习惯和（或）大便性状改变为临床表现，而缺乏胃肠道结构和生化异常的肠道功能紊乱性疾病。精神、饮食等因素常诱使症状复发或加重。