直肠息肉的治疗方法需根据息肉的类型、大小、数量等因素来定。一般来说，较小的息肉可通过内镜下切除等方法处理。
内镜下切除治疗
小息肉内镜切除： 对于直径小于2厘米的良性息肉，常可在肠镜下进行切除。比如直径在0.5~1厘米左右的息肉，通过内镜下的圈套器切除术就能将其去除，这种方法创伤小，患者恢复较快。较大息肉内镜处理： 如果息肉直径在2~5厘米之间，可能需要采用黏膜下剥离术（ESD）等内镜技术，不过相对小息肉操作复杂度更高一些，但也是在内镜下完成，能有效去除息肉。
手术切除治疗
多发或基底较宽息肉手术： 当直肠息肉数量较多或者息肉基底较宽、怀疑有恶变倾向时，可能需要进行开腹手术或者腹腔镜下手术切除。例如息肉数量超过5个以上，或者息肉基底宽度大于2厘米，这时候通过手术切除整个病变部位更保险。恶变息肉根治术： 如果直肠息肉已经发生恶变，那就需要进行根治性手术，可能要切除部分直肠及周围组织，并且后续还可能需要配合放化疗等综合治疗。
观察随访情况
良性小息肉观察： 对于一些非常小的、直径小于0.5厘米的良性息肉，比如炎症性息肉，在没有明显症状且医生评估恶变风险极低时，可以选择定期随访观察。一般建议每6~12个月做一次肠镜复查，观察息肉大小、形态等有无变化。术后复查随访： 无论是通过内镜切除还是手术切除的患者，都需要定期进行肠镜复查。一般术后1年要做一次肠镜检查，如果没有异常，可适当延长复查间隔，但至少每3~5年要复查一次，以便及时发现新的息肉或者复发的息肉。