直肠息肉的治疗方法需根据息肉的类型、大小、数量等因素来定。一般来说，较小的良性息肉可通过内镜下切除等方法处理，而较大或有恶变倾向的可能需要外科手术。
内镜下切除治疗
高频电凝切除术： 这是比较常用的内镜下治疗方法，对于直径小于2厘米的有蒂息肉或广基小息肉适用。通过内镜将高频电凝器导入，利用高频电流产生的热效应使息肉组织凝固坏死，从而达到切除目的。内镜黏膜下剥离术（ESD）： 适用于较大的无蒂息肉，尤其是直径大于2厘米的息肉。该方法是将黏膜下注射液体使病变隆起，然后用特殊器械将病变黏膜完整剥离，能较完整地切除病变组织，不过操作相对复杂，对医生技术要求较高。
外科手术治疗
开腹手术： 当息肉较大且基底较宽，或者怀疑有恶变倾向，内镜下切除困难时，可能需要开腹手术。比如息肉直径大于2厘米，且病理检查提示有重度不典型增生等情况，开腹手术可以更彻底地切除病灶，但创伤相对较大，术后恢复时间较长。腹腔镜手术： 这是一种微创手术方式，相对于开腹手术创伤小。对于部分适合的直肠息肉患者，可通过腹腔镜进行息肉切除。利用腹腔镜的放大视野和精细操作，在腹腔内完成息肉的切除，术后恢复也相对较快，但同样需要根据息肉的具体情况来判断是否适合该手术方式。
息肉的随访观察
小的良性息肉： 如果是很小的、病理明确为良性的息肉，比如直径小于1厘米的增生性息肉等，有时可以先进行随访观察。一般建议在切除后的短期内（如3 - 6个月）进行内镜复查，之后根据情况延长复查间隔，如每年复查一次内镜，观察是否有新的息肉生长或原有息肉复发等情况。有家族史的息肉患者： 对于有家族性腺瘤性息肉病等遗传倾向疾病的患者，即使息肉已经切除，也需要长期密切随访。因为这类患者发生息肉复发和恶变的风险较高，可能需要更频繁的内镜检查，有的甚至需要每半年左右复查一次内镜，以便及时发现问题并处理。