功能性子宫出血是由于神经内分泌系统功能失调引起的异常子宫出血，其原因较为复杂。一般来说，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能紊乱是常见诱因，比如约有30% - 40%的功能性子宫出血与这个内分泌轴的失调相关。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体功能异常： 下丘脑是内分泌调节的重要中枢，如果下丘脑分泌的促性腺激素释放激素出现脉冲节律异常，就会影响垂体分泌促性腺激素，进而干扰卵巢的正常排卵功能，导致子宫内膜不规则脱落，引发功能性子宫出血。例如青春期少女，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴尚未完全成熟，容易出现这种激素分泌紊乱情况。卵巢功能异常： 卵巢如果出现排卵障碍，比如多囊卵巢综合征患者，卵巢可能会持续分泌雄激素，抑制卵泡发育成熟和排卵，使得子宫内膜长期受雌激素刺激而无孕激素拮抗，从而引起功能性子宫出血。据统计，多囊卵巢综合征患者中约有相当比例会出现功能性子宫出血的情况。
全身性疾病影响
血液系统疾病： 像血小板减少性紫癜，患者体内血小板数量减少或功能异常，会影响凝血功能，容易导致子宫异常出血。再比如白血病，白血病细胞会浸润骨髓，影响正常造血功能，使得凝血因子生成减少，也可能引发功能性子宫出血。甲状腺疾病： 甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌系统的平衡。甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会加速机体代谢，影响生殖内分泌轴的功能；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会导致内分泌紊乱，进而可能引起功能性子宫出血。
子宫内膜局部因素
子宫内膜息肉： 子宫内膜局部过度增生形成息肉，会干扰子宫内膜的正常脱落和修复过程。息肉部位的血管丰富，容易发生破裂出血，从而引发功能性子宫出血。有研究发现，约10% - 15%的功能性子宫出血患者与子宫内膜息肉有关。子宫内膜癌前病变： 如子宫内膜不典型增生，子宫内膜细胞出现异常增生，细胞分化不良，会导致子宫内膜不规则生长和出血，也是引起功能性子宫出血的一个因素。