衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。男性感染衣原体，可能出现尿道刺痒、烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频，晨起时尿道口可发现少量黏液性分泌物。女性感染衣原体，宫颈会充血、水肿，有黏液脓性分泌物，阴道白带增多，还可能出现下腹不适等症状。新生儿通过感染的产道可引起眼结膜炎、肺炎等。
男性衣原体感染的具体表现
尿道不适表现：男性感染衣原体后，早期可能感觉尿道有刺痒感，这种刺痒感有时比较轻微，容易被忽视。随着病情发展，会出现明显的烧灼感，排尿时疼痛较为明显，部分人还可能出现尿频情况，但一般不像细菌感染引起的尿道炎尿频那么严重。尿道口分泌物：晨起时，部分男性会发现尿道口有少量黏液性分泌物，分泌物量通常不多，呈稀薄状。
女性衣原体感染的具体表现
宫颈异常：女性感染衣原体后，宫颈会出现充血、水肿现象，还会有黏液脓性分泌物。这是因为衣原体感染刺激宫颈导致局部炎症反应。阴道白带变化：阴道白带会增多，与正常情况下的白带状态不同，可能变得浓稠、颜色也可能有异常，比如发黄等。下腹不适：不少女性会感觉下腹有不适症状，可能是隐隐的坠胀感或者隐痛等。
新生儿衣原体感染的表现
眼结膜炎：新生儿通过感染的产道出生后，可能在出生后1~3周出现眼结膜炎，表现为眼结膜充血、水肿，有分泌物等。肺炎：部分新生儿还可能发展为肺炎，出现呼吸增快、咳嗽等症状，咳嗽一般为干咳或者有少量痰。