衣原体感染后，不同部位感染症状有所不同。男性感染衣原体时，可能出现尿道刺痒、烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频。晨起时尿道口可能有少量黏液性分泌物，或仅有痂膜封口，或裤裆污秽。女性感染衣原体，宫颈是最常见感染部位，多数无症状，有症状者表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后出血，伴尿急、尿频。
泌尿生殖系统感染症状
男性泌尿生殖系统： 除了尿道不适，部分人可能出现附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显，严重时阴囊皮肤红肿。女性泌尿生殖系统： 除了阴道分泌物异常，还可能引发盆腔炎，出现下腹部疼痛、发热、阴道异常出血等症状，若不及时治疗，可能导致输卵管粘连、阻塞，影响生育。
眼部感染症状
沙眼衣原体感染眼部： 可引起沙眼，初期有眼睛异物感、烧灼感、痒感、流泪等症状，随着病情发展，会出现结膜充血、乳头增生、滤泡形成，晚期可导致眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等，严重影响视力。
呼吸道感染症状
肺炎衣原体感染呼吸道： 儿童和青少年易受影响，起病较缓，初期有咽痛、声音嘶哑等上呼吸道感染症状，之后发展为咳嗽，多为刺激性干咳，可持续数周，部分人还可能伴有发热、头痛、乏力等全身症状。