男性感染衣原体后，部分人可能没有明显症状，而有症状的人，常见症状多在感染后1~3周出现。
泌尿生殖系统症状
尿道炎表现： 男性感染衣原体后，较常见的是引起非淋菌性尿道炎。会出现尿道刺痒、灼痛，有的还会有尿频、尿急。尿道分泌物一般较少，呈稀薄浆液性，晨起时可能会发现尿道口有少量黏液性分泌物，或者裤裆有污秽。附睾炎情况： 部分男性患者可能会并发附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛，阴囊也可能会有红肿、疼痛不适，触摸附睾时感觉温度升高，疼痛明显。
其他可能症状
直肠感染相关： 如果是通过肛交感染衣原体，可能会引起直肠炎，出现直肠疼痛、分泌物增多、里急后重（有排便不尽感）等症状。咽部感染情况： 少数通过口交等途径感染的男性，可能会出现咽部感染，表现为咽部不适、轻微疼痛等，但相对比较少见。需要注意的是，男性感染衣原体后症状可能相对隐匿，容易被忽视。如果有过高危性行为等情况，又出现上述相关泌尿生殖系统等部位的不适症状，应及时就医进行相关检查，如衣原体核酸检测等，以便早期发现并进行规范治疗。一旦确诊感染衣原体，要遵医嘱选择合适的抗生素进行治疗，常用的有阿奇霉素等药物。同时，在治疗期间要避免性行为，防止交叉感染，性伴侣也需要同时检查和治疗。