心脏神经官能症的病因目前尚未完全明确，但多与多种因素相关。一般认为，大约50% - 70%的心脏神经官能症患者可能与神经类型、环境因素和遗传因素等有关。
心理社会因素方面
长期精神压力过大： 当人长期处于高强度的工作压力、学习压力或生活中的重大变故等情况时，比如长时间面临工作 deadlines 且精神高度紧张，或者经历亲人离世、婚姻破裂等重大生活事件，就容易引发心脏神经官能症。长期的精神压力会导致神经功能失调，进而影响心血管系统的正常调节。性格特点影响： 一些具有焦虑、抑郁、内向、敏感等性格特点的人群更容易患上心脏神经官能症。比如性格内向的人，遇到事情往往不善于向外倾诉，内心的情绪长期积压，就可能通过心血管系统的异常表现出来，像出现心悸、胸痛等症状。
神经生物学因素方面
神经递质失衡： 体内的神经递质如去甲肾上腺素、5 - 羟色胺等的失衡可能与心脏神经官能症有关。例如，当5 - 羟色胺水平异常时，会影响神经系统对心血管的调节，导致心脏出现一系列不适症状。研究发现，心脏神经官能症患者体内的5 - 羟色胺代谢可能存在紊乱情况。自主神经功能紊乱： 自主神经系统分为交感神经和副交感神经，正常情况下两者相互平衡协调，共同调节心脏等器官的功能。而在心脏神经官能症患者中，往往存在自主神经功能紊乱，使得交感神经和副交感神经的平衡被打破。比如交感神经兴奋性增高时，可能会出现心跳加快、血压升高等类似心脏疾病的表现，但实际上是神经功能失调引起的。
其他因素方面
遗传易感性： 有研究表明，心脏神经官能症可能具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有心脏神经官能症，那么其他家族成员患该病的风险可能会相对增高。虽然具体的遗传机制还不十分清楚，但遗传因素在其发病中起到了一定作用。环境因素刺激： 长期处于嘈杂、污染严重的环境中，或者经常接触一些有害的化学物质等，也可能对神经系统产生刺激，增加患心脏神经官能症的风险。比如长期生活在噪音超标的环境中，会干扰神经功能，进而影响心血管系统的正常调节。