心脏神经官能症的病因目前尚未完全明确，一般认为与多种因素有关。通常认为大约50% - 70%的心脏神经官能症患者存在心理社会因素的影响。
心理社会因素方面
长期精神压力过大： 当人长期处于高强度的工作压力、学习压力或生活中的重大事件刺激下，比如长期面临经济困难、家庭关系不和睦等情况，容易引发心脏神经官能症。长期的精神紧张会导致神经功能紊乱，进而影响心血管系统的正常调节。性格因素： 一些性格内向、敏感、焦虑、抑郁的人群更容易患上心脏神经官能症。这类人群往往对自身的身体状况比较关注，稍有不适就会过度紧张和担忧，从而引发心血管系统的一系列异常表现。比如性格孤僻、多愁善感的人，在面对生活中的小挫折时，更容易出现心脏相关的不适症状。
神经生物学因素方面
神经递质失衡： 体内的神经递质如5 - 羟色胺、去甲肾上腺素等在情绪调节和心血管功能调节中起着重要作用。当这些神经递质出现失衡时，就可能影响心血管系统的正常功能，引发心脏神经官能症。例如，5 - 羟色胺水平降低可能与抑郁情绪以及心血管功能的异常改变相关。自主神经功能失调： 自主神经系统包括交感神经和副交感神经，它们对心血管系统的调节起着平衡作用。当自主神经功能失调时，交感神经兴奋占优势，就可能出现心悸、胸闷、气短等类似心脏病的症状。比如在受到惊吓或紧张时，交感神经兴奋，会导致心率加快、血压升高等，但实际上身体并没有器质性病变。
其他可能因素方面
内分泌紊乱： 女性在青春期、更年期等特殊生理时期，体内的内分泌系统会发生较大变化。例如更年期女性，由于雌激素水平下降，可能会出现自主神经功能紊乱，从而增加患心脏神经官能症的风险。有研究发现，更年期女性中心脏神经官能症的发病率相对较高。遗传易感性： 虽然目前还没有明确的证据表明心脏神经官能症具有明显的遗传性，但某些遗传因素可能会使个体更容易受到心理社会因素等的影响而患上该病。如果家族中有神经官能症病史的人，其亲属患心脏神经官能症的概率可能会相对高一些，但这并不是绝对的，还受到后天环境等多种因素的综合影响。