附件巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状多样。一般来说，约1/3的患者无明显症状，而有症状的患者主要表现为以下几方面。
月经异常症状
痛经： 这是比较常见的症状，多为继发性痛经，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经。可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药物止痛。疼痛常随着月经周期而加重，月经结束后则逐渐减轻直至消失。月经周期紊乱： 部分患者会出现月经量增多、月经周期缩短或延长等情况。比如月经量可能较以往增多1~2倍，月经提前或推迟1~2周等。
盆腔疼痛症状
盆腔深部疼痛： 常在月经期间出现，但也可出现在月经前及月经后。疼痛部位多为下腹深部和腰骶部，可放射至会阴、肛门或大腿，常于月经来潮时开始，并持续整个经期。性交疼痛： 一般表现为深部性交痛，多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因病变导致子宫后倾固定的患者，常于月经前较为明显。
不孕相关症状
不孕： 巧克力囊肿可能会影响卵巢的正常功能以及盆腔内的环境，从而导致不孕。据统计，在子宫内膜异位症引起的不孕患者中，巧克力囊肿所致的不孕约占一定比例，很多女性因为长期不孕去检查才发现患有附件巧克力囊肿。
其他症状
肠道症状： 如果巧克力囊肿累及肠道，可能会出现腹痛、腹泻或便秘等症状，有的还可能出现周期性便血。例如在月经期间，肠道症状可能会加重。泌尿系统症状： 当囊肿侵犯膀胱黏膜时，患者可能会出现周期性尿频、尿痛、血尿等症状。