附件巧克力囊肿通常不存在绝对最好的治疗方式，一般可采取药物治疗、手术治疗等，往往效果良好。
一、药物治疗：巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种病变类型。若发生于附件且症状相对较轻，则通常可进行药物治疗。具体可遵医嘱使用注射用醋酸曲普瑞林，其能抑制垂体分泌促性腺激素，从而降低雌二醇水平，缓解症状；屈螺酮炔雌醇片可通过调节激素水平来发挥作用；甲羟孕酮片能抑制卵巢功能，减少子宫内膜异位病灶的活性。这些药物有助于控制病情的进一步发展。
二、手术治疗：但要是附件巧克力囊肿的体积较大，已经致使输卵管、卵巢等受到损害，对生命健康构成威胁时，通常就需要开展手术治疗，比如附件切除术，即切除一侧或双侧的输卵管和卵巢；子宫切除术，将子宫整体切除等。
总之，对于附件巧克力囊肿的治疗，需根据具体病情选择合适的方法。