药流第三天肚子疼一般属于正常情况，这意味着妊娠物正在排出。药流即通过口服米非司酮片加米索前列醇药物来终止妊娠。具体而言：
一、米非司酮片可致使子宫蜕膜变性坏死，让宫颈软化；
1.子宫蜕膜变性坏死：这样能促使妊娠组织与子宫壁分离。
2.宫颈软化：有利于后续胚胎等组织的排出。
二、米索前列醇能够使子宫兴奋并引发子宫收缩，从而推动胚胎排出。
1.子宫兴奋：增强子宫的活动。
2.子宫收缩：产生力量促使胚胎等排出体外。
在整个药流过程中，患者因子宫收缩会有下腹部疼痛的感觉，同时还会伴有流血现象。通常在药物流产后的一周内，阴道会出现少量出血以及腹部疼痛的状况。但如果腹部疼痛症状长时间未得到缓解，那很可能是流产不全导致的，这时就有必要进行清宫手术。此外，在进行药物流产之前必须进行相关检查，若患者存在妇科炎症，暂时不建议进行药物流产，而需要先治疗炎症，待炎症治愈后才可开展药物流产。
总结概况提示：阐述了药流第三天肚子疼的原因，解释了药流的原理和过程，说明了药流后的常见症状及特殊情况的处理，强调了药流前检查和炎症处理的重要性。