直肠脱垂的治疗方法需根据病情严重程度来定。一般来说，轻度直肠脱垂可以通过一些非手术方法改善，而重度的可能需要手术治疗。
非手术治疗方式
一般治疗：
儿童直肠脱垂：多数可在5岁前自愈，所以以保守治疗为主。比如让孩子养成良好的排便习惯，缩短排便时间，一般控制在5分钟以内。还要注意排便后及时复位脱垂的直肠。成人轻度脱垂：要积极治疗便秘、咳嗽等增加腹压的疾病。可以进行提肛运动，每天做3 - 4次，每次10 - 15分钟，增强肛门括约肌的功能。
药物治疗：
中药治疗：一些中药方剂对直肠脱垂有一定效果，比如补中益气汤加减，有补中益气、升阳举陷的作用，但需要在医生辨证论治后使用。局部用药：对于肛门周围有炎症的患者，可使用温盐水坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，能减轻炎症，缓解不适。
手术治疗情况
成人重度直肠脱垂：
经腹手术：如直肠悬吊固定术，适用于成年人完全性直肠脱垂。通过将直肠固定在周围组织上，防止脱垂复发。但手术有一定风险，如出血、感染等。经会阴手术：像肛门环缩术，适用于年老体弱不能耐受经腹手术者。是通过放置硅胶环或尼龙网环，缩小肛门，以阻止直肠脱垂。不过效果可能相对有限。
儿童直肠脱垂手术：
儿童直肠脱垂多采用保守治疗，只有少数严重且保守治疗无效的才考虑手术。如直肠黏膜脱垂注射术，一般是将硬化剂注射到直肠黏膜下，使黏膜与肌层粘连固定，但要谨慎操作，避免并发症。