直肠脱垂的治疗方法需根据病情严重程度来定。一般来说，轻度直肠脱垂可通过非手术治疗改善，而重度直肠脱垂可能需要手术干预。
非手术治疗为主的情况
一般治疗：
儿童直肠脱垂：多数可在5岁前自愈，所以以保守治疗为主。要培养孩子良好的排便习惯，缩短排便时间，一般控制在5分钟内较好。同时，积极治疗咳嗽、便秘等增加腹压的疾病。成人轻度直肠脱垂：可通过增加膳食纤维摄入，每天保证摄入25 - 35克左右的膳食纤维，多吃蔬菜（如西兰花、菠菜等）、水果（如苹果、香蕉等）和全谷物等。还可以进行盆底肌锻炼，每天进行3 - 4次盆底肌收缩训练，每次持续5 - 10秒，重复10 - 15次。
手术治疗情况
经腹手术：
直肠悬吊固定术：适用于成年人完全性直肠脱垂。通过将直肠固定在周围组织上，防止脱垂复发。但手术有一定创伤，术后需要住院观察，一般住院时间约7 - 10天左右。经腹直肠前壁折叠术：也是针对成人直肠脱垂的手术方式，通过折叠直肠前壁来加强直肠的支持结构。
经会阴手术：
肛门环缩术：适用于年老体弱或伴有严重心、肺、肝、肾等疾患不能耐受经腹手术者。手术是将硅胶环或尼龙网带围绕肛门，缩小肛门内径，以阻止直肠脱垂。术后要注意保持肛门局部清洁，避免感染，一般术后1 - 2周可恢复基本活动。
其他手术方式：
吻合器直肠切除术：近年来应用渐多，适用于部分直肠脱垂患者。该手术相对创伤较小，术后恢复相对较快，但费用相对较高，一般手术费用可能在1 - 3万元左右（因地区和医院不同有差异）。