父亲是乙肝病毒携带者生孩子不会遗传，因为其不属于遗传性疾病，但可能会传染给孩子。具体如下：
一、男性乙肝病毒携带者体内有乙型肝炎病毒，可通过性接触将病毒传播给性伴侣，若伴侣被感染后怀孕，就可能通过母婴途径传给孩子。在婴儿娩出时，可能会接触到母亲含有乙肝病毒的血液、体液而被传染。此外，在少数情况下，男性乙肝病毒携带者的精子也可能携带乙肝病毒，从而导致孩子感染乙肝。
二、对于乙肝病毒携带者的伴侣，需要接种乙肝疫苗以及乙肝免疫球蛋白，以提高体内乙肝抗体的滴度，降低感染乙肝病毒的可能性。伴侣怀孕后，还应定期到医院进行乙肝五项检查以及其他各项孕期检查。
三、若孕期检查发现体内存在乙肝病毒感染，怀孕期间就需要进行抗病毒治疗来阻断传播，等孩子娩出后，要在出生的24小时内接种乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗。
总之，父亲是乙肝病毒携带者虽然不会遗传给孩子，但存在传染给孩子的风险，需要采取一系列措施来预防和应对。