父亲是乙肝病毒携带者生孩子不会遗传，其不属于遗传性疾病，但是可能会传染给孩子。
一、男性乙肝病毒携带者体内存在乙型肝炎病毒，这可能通过以下途径将病毒传播给孩子：
1.性接触传播：可以通过性接触传播感染性伴侣，一旦伴侣传染上乙型肝炎病毒，其怀孕后，就可能通过母婴途径传播给孩子。在婴儿娩出时，可能会接触母亲的血液、体液，而血液和体液中含有乙肝病毒，从而导致婴儿感染乙肝疾病。
2.精子携带：少数情况下，男性乙肝病毒携带者的精子可携带乙肝病毒，进而使孩子感染乙肝。
二、为降低感染风险，乙肝病毒携带者的伴侣需要采取以下措施：
1.接种乙肝疫苗以及乙肝免疫球蛋白，以提高体内乙肝抗体的滴度。
2.伴侣怀孕之后，应定期入院进行乙肝五项检查以及其他各项孕期检查。一旦孕期检查出来体内存在乙肝病毒感染的现象，怀孕期间需要进行抗病毒治疗来阻断传播。
三、孩子出生后的处理：等到孩子娩出后，需要在出生的24小时之内接种乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗。
总之，父亲是乙肝病毒携带者虽不会遗传给孩子，但有传染风险，需采取一系列措施来预防和应对，包括伴侣的预防接种、孕期检查及相应治疗，以及孩子出生后的及时接种等。