父亲是乙肝病毒携带者生孩子不会遗传，因为其不属于遗传性疾病，但有传染给孩子的可能。具体来说：
一、男性乙肝病毒携带者体内有乙型肝炎病毒，可能通过性接触将病毒传播给性伴侣，若伴侣被感染后怀孕，就可能通过母婴途径传给孩子，比如婴儿娩出时会接触到母亲含有乙肝病毒的血液、体液而被传染；少数情况下，男性乙肝病毒携带者的精子也可能携带乙肝病毒致使孩子感染。
二、对于乙肝病毒携带者的伴侣，需要接种乙肝疫苗以及乙肝免疫球蛋白以提高体内乙肝抗体滴度，降低感染乙肝病毒的概率。伴侣怀孕后还应定期进行乙肝五项检查及其他各项孕期检查。
三、若孕期检查发现体内存在乙肝病毒感染，怀孕期间需进行抗病毒治疗来阻断传播，等孩子娩出后，要在出生24小时内接种乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗。
总之，男性乙肝病毒携带者虽然不会遗传疾病给孩子，但存在传染风险，要做好相应预防和应对措施。