在月经结束后3天进行性行为并怀孕的原因可能有以下几点：
1.额外排卵：女性的排卵日期可能会受到情绪、环境等因素的影响，出现额外排卵的情况。虽然月经刚结束时怀孕的概率相对较低，但仍不能完全排除这种可能性。
2.精子在体内存活时间较长：精子在女性体内可能会存活数天，即使在月经期间，也有可能有精子存活到排卵时，导致受孕。
3.月经周期不规律：有些女性的月经周期可能不规律，排卵时间提前或推迟，这也会增加怀孕的风险。
需要注意的是，每个人的身体情况都不同，以上只是一些可能的原因。如果对怀孕的情况存在疑虑，建议及时就医，进行相关检查和咨询。同时，如果没有怀孕的计划，在进行性行为时应采取适当的避孕措施，以避免不必要的困扰。以下是一些常见的避孕方法：
1.避孕套：是一种较为常用的避孕工具，不仅可以避孕，还能预防性传播疾病。
2.口服避孕药：通过抑制排卵、改变子宫内膜环境等方式达到避孕目的。
3.宫内节育器：一种长效的避孕方法，通过放置宫内节育器来阻止受精卵着床。
4.避孕针：通过注射孕激素或复方制剂来达到避孕效果。
选择适合自己的避孕方法时，应考虑个人的健康状况、生活习惯、避孕需求等因素，并在医生的指导下进行。此外，定期进行妇科检查也是维护生殖健康的重要措施。