月经后第三天同房怀孕可能是由于以下原因：一是月经周期短，二是排卵期提前。
一、月经周期短：如果月经周期较短，比如在25天左右，那么在月经干净3天后，可能距离排卵期已经比较近了。在这种情况下，此时同房就有怀孕的可能性。而怀孕了其实无需过度担心，这恰恰表明卵巢功能处于正常状态。
二、排卵期提前：因为卵子在体内可存活1至2天，精子在体内可存活2至3天。如果出现排卵期提前，那么在排卵期前后3至5天内同房，都有可能导致怀孕。如果患者打算留下胎儿，就需要按时服用叶酸，以防止胎儿出现畸形，同时要按要求进行产前检查。如果不打算要这个孩子，可以在怀孕40天以上时到正规医院进行彩超检查，然后在医生的指导下选择适合自己的流产方式。同时，要注意保持心情舒畅，避免过度焦虑。
总之，月经后第三天同房怀孕存在上述可能原因，需根据自身情况进行相应处理和应对。