月经干净后三天又有点褐色的血液，可能由多种原因引起。一般来说，这种情况可能持续时间较短，比如1~2天就消失，但也可能有不同情况。
生理性原因
排卵期出血： 在月经周期中，排卵时由于雌激素水平短暂下降，部分子宫内膜脱落，就可能出现少量褐色血液。一般出血量少，持续时间短，可能1~3天。比如有些女性在两次月经中间，也就是接近排卵期的时候会出现这种情况。残留经血： 月经刚结束时，宫腔内可能还残留少量经血，随着子宫的收缩，后续慢慢排出，就表现为褐色血液。这种情况通常量不多，很快就会干净。
病理性原因
妇科炎症：
宫颈炎：
宫颈受到炎症刺激，局部组织比较脆弱，可能会有少量出血，混合在白带中呈现褐色。患有宫颈炎的女性除了月经干净后有褐色血，还可能伴有白带增多、性交疼痛等症状。
子宫内膜炎：
子宫内膜发生炎症时，内膜的正常结构被破坏，容易出现异常出血。患者可能还会有下腹部疼痛、月经经期延长等表现。内分泌失调：
黄体功能不全：
黄体分泌孕激素不足，会导致子宫内膜分泌反应不良，从而引起月经周期紊乱，出现月经干净后又有褐色血的情况。患者可能还会伴有不孕、流产等问题。
甲状腺功能异常：
甲状腺激素分泌异常会影响内分泌系统，进而影响月经。比如甲状腺功能减退时，可能会出现月经紊乱，包括月经干净后又有少量褐色血的情况。
其他原因
宫内节育器影响： 有些女性放置宫内节育器后，可能会出现月经间期少量出血，表现为褐色血液。这是因为节育器刺激子宫内膜，引起局部的不规则出血。一般放置节育器后的前3~6个月比较常见这种情况。