女性生殖器疱疹主要是由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起的，其中约90%由HSV-2型引起，10%由HSV-1型引起。
病毒直接感染：
HSV-2型为主因： 生殖器疱疹约90%是由单纯疱疹病毒2型（HSV-2）引起的。当皮肤或黏膜有破损时，HSV-2会通过接触感染部位侵入人体，进而引发生殖器疱疹。比如与携带HSV-2的患者发生性接触，就很容易被感染。HSV-1型也可引发： 虽然HSV-1型通常引起口唇疱疹，但也有少数情况会导致生殖器疱疹。当与患有口唇疱疹的人密切接触生殖器部位时，HSV-1型病毒可能传播到生殖器，引起感染。
自身免疫力低下：
生理因素影响： 女性在一些特殊时期，比如月经期、妊娠期等，身体的免疫力会相对降低。此时，原本潜伏在体内的单纯疱疹病毒就容易被激活，从而引发生殖器疱疹。例如，有研究发现，女性妊娠期生殖器疱疹的复发率可能会有所变化，与免疫力的波动有关。疾病导致免疫低： 患有一些免疫系统疾病，像艾滋病等，会严重损害人体的免疫系统。这时候身体抵御单纯疱疹病毒的能力大幅下降，更容易感染生殖器疱疹，而且病情往往也会更严重、更难控制。
性接触传播：
无保护性行为风险高： 不采取安全措施的性行为是女性感染生殖器疱疹的重要途径。在无安全套防护的性接触中，生殖器部位直接接触到含有单纯疱疹病毒的体液，病毒就有很大机会侵入人体引发感染。据统计，与患有生殖器疱疹的患者发生无保护性行为，女性感染的概率较高。多个性伴侣增加风险： 拥有多个性伴侣会显著增加女性感染生殖器疱疹的风险。因为性伴侣越多，接触到不同传染源的机会就越多，感染单纯疱疹病毒的几率也就相应增大。所以保持单一固定性伴侣对于预防生殖器疱疹很重要。