鼻咽炎的治疗药物需根据病情类型选择，一般来说，急性鼻咽炎多由病毒感染引起，可使用利巴韦林等抗病毒药物；若是细菌感染导致的鼻咽炎，常用青霉素类或头孢类抗生素。比如急性病毒性鼻咽炎，病程通常在7-10天左右，可使用抗病毒药物缓解症状。
抗病毒药物治疗
利巴韦林： 属于广谱抗病毒药，能抑制病毒核酸合成，对鼻病毒、腺病毒等引起的鼻咽炎有一定作用。但孕妇及哺乳期女性禁用，使用时需遵医嘱。阿昔洛韦： 主要针对疱疹病毒引起的鼻咽炎，可干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒复制。不过，肾功能不全者需调整剂量。
抗生素药物治疗
青霉素类： 如阿莫西林，通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用，对敏感菌引起的鼻咽炎有效。但对青霉素过敏者禁用，使用前需做皮试。头孢类： 像头孢克肟，对多种细菌有抗菌活性，可用于治疗细菌感染引发的鼻咽炎。有头孢菌素过敏史者禁用，用药期间可能出现腹泻、皮疹等不良反应。
局部用药缓解
滴鼻剂： 如麻黄碱滴鼻液，能收缩鼻黏膜血管，减轻鼻黏膜充血、肿胀，缓解鼻塞症状，但连续使用一般不超过7天，否则可能引起反跳性鼻充血。含片： 例如银黄含片，有清热解毒、消炎的作用，含服可缓解鼻咽炎引起的咽部不适，但糖尿病患者应慎用，因为部分含片含糖。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当鼻咽炎伴有发热、头痛、肌肉酸痛等症状时，可使用对乙酰氨基酚。儿童、孕妇及哺乳期女性等特殊人群使用需谨慎，应在医生指导下使用。止咳祛痰药： 若鼻咽炎患者有咳嗽、咳痰症状，可选用氨溴索。它能增加呼吸道黏膜浆液腺的分泌，减少黏液腺分泌，从而降低痰液黏度，促进肺表面活性物质的分泌，增加支气管纤毛运动，使痰液易于咳出，但严重肾功能不全者需慎用。