心脏隔膜缺损是否会自愈，与缺损的类型和大小有关。一般来说，小型的室间隔缺损有一定自愈可能，约20%~50%的膜周部室间隔缺损婴儿在5岁内可自然闭合；而房间隔缺损中，继发孔型小型房间隔缺损有15%左右在1岁内自然闭合。
室间隔缺损的自愈情况
小型室间隔缺损：直径小于5毫米的室间隔缺损，有较大自愈几率。通常婴儿在1岁内，缺损可能逐渐闭合。这是因为心脏在生长发育过程中，组织有自我修复的潜力。中型及大型室间隔缺损：直径大于5毫米的室间隔缺损，自愈可能性较小。这类缺损对心脏血流动力学影响较大，一般需要通过医疗干预来解决。
房间隔缺损的自愈情况
继发孔型小型房间隔缺损：直径小于8毫米的继发孔型房间隔缺损，有一定自愈可能。比如1岁以内的婴儿，部分缺损可随生长发育自行闭合。但如果到了儿童期甚至更大年龄仍未闭合，自愈机会就很低了。原发孔型房间隔缺损：原发孔型房间隔缺损一般很难自愈，因为其解剖结构异常相对复杂，通常需要尽早进行医疗干预。
动脉导管未闭的自愈情况
早产儿动脉导管未闭：孕周较小的早产儿，动脉导管未闭有一定自愈可能。胎龄越小的早产儿，动脉导管未闭自愈的可能性相对越高。一般孕周小于32周的早产儿，约80%可在出生后3个月内自行闭合。足月儿动脉导管未闭：足月儿动脉导管未闭自愈几率较低。直径较小的足月儿动脉导管未闭，可能在出生后3个月内有少量闭合情况，但大部分还是需要医疗处理。