唇腭裂的发生与多种因素有关。据统计，新生儿中唇腭裂的发生率约为0.1%~0.2%。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么胎儿发生唇腭裂的风险会增加。研究发现，唇腭裂是一种多基因遗传性疾病，多个基因的突变或变异可能会累加增加发病几率。例如，若父母一方患有唇腭裂，其子女患病的风险比普通人群高出数倍。特定基因关联： 一些特定的基因与唇腭裂的发生密切相关，如MSX1、IRF6等基因。当这些基因发生突变时，会影响胚胎发育过程中面部结构的正常融合，从而导致唇腭裂的出现。
母体孕期因素影响
孕期感染： 孕妇在孕期如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，就容易增加胎儿患唇腭裂的风险。在怀孕早期（尤其是妊娠前3个月），母体感染风疹病毒后，病毒可通过胎盘影响胚胎发育，干扰面部器官的正常形成，使得唇腭部的组织不能正常融合。孕期用药不当： 孕妇在孕期服用某些药物也可能导致胎儿唇腭裂。比如，孕期服用一些抗癫痫药物、抗肿瘤药物等，这些药物可能会通过胎盘影响胚胎的发育过程，干扰面部结构的发育进程，进而引发唇腭裂。孕期营养不良： 孕妇在孕期缺乏某些重要的营养素，如叶酸等，会影响胚胎的正常发育。叶酸对于细胞的分裂和分化至关重要，孕期叶酸缺乏会使胎儿面部发育出现异常，增加唇腭裂的发生概率。
环境因素作用
辐射暴露： 孕妇在孕期接触过多的辐射，如长时间处于高辐射环境中，像医院的放射科工作环境等，可能会对胎儿的发育产生不良影响，增加唇腭裂的发生风险。辐射可能会损伤胚胎细胞的遗传物质，干扰面部器官形成的正常程序。吸烟饮酒： 孕妇如果在孕期吸烟或饮酒，烟草中的尼古丁和酒精中的乙醇等有害物质会通过胎盘传递给胎儿，影响胎儿的发育。吸烟会导致胎盘血管收缩，减少胎儿的血液供应，影响营养物质的输送；饮酒则可能直接干扰胚胎的正常发育过程，破坏面部结构的正常融合，从而引发唇腭裂。