生化流产是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。大约有50% - 70%的生化流产是因为胚胎本身质量不好。比如女性年龄超过35岁后，卵子质量下降，染色体异常的概率增加，这种情况下发生生化流产的几率会升高。
染色体因素：
胚胎染色体异常： 受精卵在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，这是导致生化流产最常见的原因之一。据统计，约80%的生化流产与胚胎染色体异常有关。这种异常可能是父母遗传来的，也可能是受孕过程中受到辐射、化学物质等因素影响导致的新突变。父母染色体问题： 如果父母双方有一方染色体存在平衡易位等异常情况，也可能传递给胚胎，影响胚胎正常发育，增加生化流产的发生风险。
子宫因素：
子宫解剖异常： 比如子宫畸形，像纵隔子宫、单角子宫等，会影响受精卵着床。子宫黏膜下肌瘤、子宫内膜息肉等宫腔内病变，也会干扰受精卵着床环境，使得生化流产的可能性增大。例如有研究发现，存在子宫黏膜下肌瘤的女性生化流产发生率比正常女性高很多。子宫内膜容受性差： 子宫内膜是受精卵着床的“土壤”，如果子宫内膜厚度不合适（一般认为内膜厚度在8 - 12mm比较适宜着床）、激素分泌失调等，都会影响子宫内膜的容受性，导致受精卵难以着床，引发生化流产。
内分泌因素：
黄体功能不全： 黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，就无法为受精卵着床和早期妊娠提供良好的内分泌环境，容易导致生化流产。一般来说，黄体期孕酮水平低于15ng/ml就提示黄体功能不全，这类女性生化流产风险较高。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都会影响妊娠。甲状腺激素参与身体的代谢调节，甲状腺功能减退时，身体代谢减慢，可能影响子宫内膜的状态和胚胎的发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠过程，增加生化流产的几率。
免疫因素：
自身免疫异常： 比如存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病，体内的自身抗体可能会攻击胎盘滋养层细胞，影响胎盘的正常发育和功能，导致生化流产。有抗磷脂抗体阳性的女性，生化流产的发生率明显高于抗体阴性的女性。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，也会导致生化流产。这种情况相对复杂，涉及母体和胚胎之间免疫平衡的失调。