生化流产指的是精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。大约有50%-60%的生化流产是由胚胎染色体异常导致的，这是自然淘汰的一种表现。
母体因素影响
内分泌失调： 黄体功能不全是常见原因之一。黄体分泌的孕酮等激素对维持妊娠至关重要，若黄体功能不足，孕酮分泌量不够，就难以支持胚胎正常着床和发育，据统计，因黄体功能不全导致生化流产的比例占相当一部分。比如，女性体内孕酮水平低于正常妊娠所需水平时，就容易发生生化流产。甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的甲状腺素对妊娠也有影响。甲状腺功能亢进或减退都会干扰妊娠的正常进程。甲亢时，身体代谢处于亢奋状态，可能影响胚胎的生长环境；甲减时，机体代谢减缓，也不利于胚胎着床和发育。
子宫因素作用
子宫解剖异常： 子宫畸形会影响胚胎着床。像纵隔子宫，子宫腔内有纵隔分隔，会改变宫腔内的环境，使胚胎难以正常着床。另外，子宫内膜息肉也可能干扰着床，息肉会占据宫腔空间，影响胚胎种植。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会破坏子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床。比如患有慢性子宫内膜炎时，子宫内膜的炎症状态会影响胚胎与内膜的相互作用，增加生化流产的风险。
免疫因素干扰
自身免疫异常： 存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血液循环，导致胎盘缺血缺氧，从而影响胚胎的发育，引发生化流产。例如，抗磷脂抗体综合征患者发生生化流产的几率相对较高。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，也会导致生化流产。比如母体的自然杀伤细胞活性过高等情况，可能会排斥胚胎，造成生化流产。