噬血细胞综合征的原因主要分为原发性和继发性两大类。原发性噬血细胞综合征多与遗传因素有关，比如某些基因发生突变等，这类情况往往在儿童中更易出现，有家族遗传倾向的人群需要格外关注。
原发性噬血细胞综合征
遗传因素导致： 原发性噬血细胞综合征有相当一部分是由于基因缺陷引起的。例如某些特定的基因发生突变，使得免疫系统的调节出现异常，从而引发噬血细胞综合征。这种情况往往在家族中有一定的聚集性，若家族中有相关病史，后代患病风险可能会增加。
继发性噬血细胞综合征
感染相关因素
病毒感染： 很多病毒感染都可能引发继发性噬血细胞综合征，像EB病毒感染就是比较常见的诱因之一。当人体感染EB病毒后，有可能激活免疫系统过度反应，进而导致噬血细胞综合征的发生。此外，巨细胞病毒感染也可能引发类似情况，在免疫功能低下的人群中，这类病毒感染更易诱发该病症。细菌感染： 一些严重的细菌感染也可能成为继发性噬血细胞综合征的原因。比如伤寒杆菌等引起的严重细菌感染，会刺激机体的免疫反应过度活化，促使噬血细胞大量增殖，从而引发噬血细胞综合征。
恶性肿瘤相关因素
血液系统恶性肿瘤： 像白血病等血液系统恶性肿瘤疾病，在疾病发展过程中可能会导致噬血细胞综合征。白血病细胞的异常增殖会影响机体的正常免疫功能，使得免疫系统出现紊乱，进而引发噬血细胞综合征。例如急性淋巴细胞白血病、急性髓系白血病等，都有引发该病症的可能。实体肿瘤： 某些实体肿瘤在晚期等阶段也可能继发噬血细胞综合征。比如肺癌、胃癌等实体肿瘤发展到一定程度时，肿瘤细胞释放的一些物质会影响机体的免疫调节，导致免疫系统异常激活，出现噬血细胞综合征的表现。
自身免疫性疾病相关因素
系统性红斑狼疮等： 自身免疫性疾病患者也有发生噬血细胞综合征的风险。以系统性红斑狼疮为例，患者自身的免疫系统出现紊乱，产生过多的自身抗体，同时免疫细胞过度活化，就可能引发噬血细胞综合征。这类自身免疫性疾病患者需要密切监测，预防噬血细胞综合征的发生。