口腔溃疡的发生原因较多，一般来说，大约有20%的人群会受到口腔溃疡的困扰。
一、局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 比如牙齿有残根、残冠，或者佩戴不合适的假牙，这些都会不断摩擦口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。一般这种情况导致的口腔溃疡，能明显发现有刺激源存在。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔内侧黏膜，或者说话时咬到嘴唇等部位，伤口如果没有及时愈合，就容易发展成口腔溃疡，这种情况通常在咬伤后几天内就会出现相关症状。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族缺乏，像维生素B2、B6等缺乏时，就比较容易长口腔溃疡。有研究表明，长期饮食单一、挑食的人更易出现维生素缺乏进而引发口腔溃疡。微量元素缺乏： 当体内锌、铁等微量元素缺乏时，也会增加口腔溃疡的发生几率。比如素食者如果长期不注意补充这些微量元素，就可能面临口腔溃疡风险。
三、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，就可能攻击自身口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。例如患有白塞病的患者，口腔溃疡往往是比较典型的症状之一，而且容易反复发作。免疫力低下时期： 当人处于感冒、发烧等身体免疫力低下的时候，口腔内的菌群容易失调，也容易长口腔溃疡。一般在免疫力恢复后，轻度的口腔溃疡可能会自行愈合，但如果免疫力一直不恢复，溃疡可能会持续较长时间。