克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，其症状多样。大约10%-20%的患者会出现腹痛，多位于右下腹或脐周，一般为间歇性发作。腹泻也是常见症状之一，多数患者每天腹泻3-6次，粪便多为糊状，一般无脓血或黏液，病情严重时次数会增多。
消化系统症状表现
腹痛： 多为隐痛或钝痛，发作时疼痛程度可能加重，部分患者疼痛与进食有关，进食后可诱发腹痛，排便或肛门排气后可缓解。腹泻： 粪便性状多样，除糊状便外，有的患者可能出现水样便，但一般无脓血和黏液，不过当病变累及结肠下段或肛门直肠时，可能会有黏液血便。
全身症状表现
发热： 可有低热或中度发热，少数患者会出现高热，发热可持续数周甚至数月，呈间歇性发作。营养不良： 由于肠道吸收功能障碍以及慢性炎症消耗，患者可能出现体重减轻、消瘦、贫血等表现，儿童患者还可能影响生长发育。
肠道外表现
口腔溃疡： 约1/4的患者会出现复发性口腔黏膜溃疡，与复发性阿弗他溃疡类似。关节炎： 可出现外周关节炎，以大关节受累为主，如膝关节、踝关节等，表现为关节肿胀、疼痛、活动受限。皮肤病变： 部分患者会出现结节性红斑，多见于下肢，表现为红色疼痛性结节；还可能出现坏疽性脓皮病，表现为皮肤溃疡。