牙周炎治疗常用的药物主要有抗生素类、硝基咪唑类等。一般来说，甲硝唑等硝基咪唑类药物对牙周炎有较好的抗菌作用。不过，药物治疗只是牙周炎综合治疗的一部分，还需要配合洗牙、刮治等牙周基础治疗。
抗生素类药物
阿莫西林：属于广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁合成，起到杀菌作用。对于牙周炎由细菌感染引起的炎症有一定的控制作用，但使用前需确认无青霉素过敏史。头孢菌素类：如头孢氨苄等，也是广谱抗生素，可用于牙周炎伴有感染的情况，能针对多种引起牙周炎的细菌发挥抗菌效果，但同样要注意过敏问题。
硝基咪唑类药物
甲硝唑：对厌氧菌有较好的杀灭作用，牙周炎常由厌氧菌感染为主，所以甲硝唑能有效缓解牙周炎引起的牙龈红肿、出血等症状。不过，孕妇及哺乳期女性禁用，且服用期间不能饮酒。替硝唑：抗菌谱与甲硝唑相似，抗菌活性比甲硝唑强，副作用相对较小些，也可用于牙周炎的治疗，同样要注意孕妇及哺乳期女性的禁忌情况。
非甾体抗炎药
布洛芬：具有抗炎、镇痛、解热作用。当牙周炎导致明显牙痛时，布洛芬可以缓解疼痛症状，但它只是对症缓解，不能从根本上治疗牙周炎的病因。不过，有消化道溃疡等疾病的患者要慎用。阿司匹林：也有一定的抗炎镇痛作用，但由于其可能会对胃肠道有刺激，而且现在在牙周炎止痛方面不如布洛芬常用，但如果是没有胃肠道疾病的患者在医生指导下也可短期使用来缓解疼痛。
局部用药
米诺环素凝胶：局部使用的药物，将其涂抹在牙周袋内，能缓慢释放药物，持续发挥抗菌作用，直接针对牙周局部的感染情况，减少牙周袋内的细菌数量，促进炎症消退。不过，使用时要按照正确的操作方法，由医生进行局部上药。碘甘油：局部涂抹碘甘油可以起到收敛、消炎、杀菌的作用，对于牙周炎引起的牙龈炎症有一定的缓解效果，能减轻牙龈的红肿、出血等症状，使用相对简单，在口腔科门诊常被使用。