治疗牙周炎时，常用的药物有抗生素类、硝基咪唑类等。一般来说，甲硝唑等硝基咪唑类药物对牙周炎有较好的效果，但具体用药需根据病情由医生决定。
抗生素类药物
阿莫西林： 属于广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。它对引起牙周炎的常见细菌有一定的抑制效果。一般来说，成人常用剂量是一次0.5克，每8小时服用一次，但具体用量需遵医嘱。不过，对青霉素过敏的人不能使用阿莫西林。头孢菌素类： 比如头孢拉定，也是一类广谱抗生素。它通过干扰细菌细胞壁的合成来杀菌。头孢拉定对于一些引起牙周炎的需氧菌有较好的抗菌活性。成人常用量是一次0.25 - 0.5克，每6小时服用一次，同样要注意过敏情况，有头孢菌素过敏史的人禁用。
硝基咪唑类药物
甲硝唑： 主要针对厌氧菌有强大的杀灭作用。牙周炎往往有厌氧菌参与感染，所以甲硝唑对牙周炎的治疗很有用。甲硝唑常见的剂型有片剂等，成人常用量是一次0.2克，一日3次，但要注意孕妇及哺乳期妇女禁用，有中枢神经系统疾病的患者也要慎用。替硝唑： 抗菌谱与甲硝唑相似，对厌氧菌的作用更强一些。替硝唑的服用方法一般是首日服用2克，之后每日服用1克，分两次服用。不过，对替硝唑过敏的人不能用，有血液病史的人要谨慎使用。
局部用药
米诺环素凝胶： 这是一种局部用的抗生素凝胶。将其注入牙周袋内，能在局部发挥抗菌作用，直接针对牙周袋内的细菌，减少炎症。它可以持续释放药物，作用时间相对较长。一般是每周使用一次，每次适量注入牙周袋内，但使用时要注意正确的操作方法，避免药物溢出等情况。氯己定含漱液： 这是一种常用的口腔含漱液。它能抑制口腔内的细菌生长，减少菌斑的形成。使用时，每次含漱10 - 15毫升，每天含漱2 - 3次。它可以作为牙周炎治疗的辅助用药，帮助改善口腔的细菌环境，但不能替代全身用药和其他治疗措施。不过，长期使用氯己定含漱液可能会使牙齿和黏膜染色，所以使用一段时间后要注意口腔清洁。