马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗。一般来说，经过规范治疗，多数患者可在数周内改善症状。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂：可以先用酮康唑洗剂清洗患处，它能抑制马拉色菌的生长。一般每周使用2 - 3次，连续使用几周可能会有效果。联苯苄唑乳膏：局部涂抹联苯苄唑乳膏，它能干扰真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。每天涂抹1 - 2次，坚持使用一段时间。
口服抗真菌药物选用
伊曲康唑：对于病情较严重的患者，可以考虑口服伊曲康唑。它能抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成。但要注意，使用前需评估肝肾功能等情况，一般按照医生规定的疗程服用。氟康唑：氟康唑也是常用的口服抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成发挥作用。不过同样需要在医生指导下使用，根据病情确定合适的剂量和疗程。
日常护理要点
保持皮肤清洁干燥：患者要注意保持患病部位的清洁，每天用温水清洗患处，洗完后及时擦干，尤其是在出汗较多的时候，比如运动后要尽快清洁皮肤，避免马拉色菌在潮湿环境中大量繁殖。衣物选择：穿着宽松、透气的棉质衣物，避免穿着紧身、不透气的化纤类衣物，这样可以减少皮肤与衣物之间的摩擦，并且有利于皮肤透气，不利于马拉色菌生长。避免搔抓：患病部位可能会有瘙痒感，但要尽量避免搔抓，因为搔抓可能会导致皮肤破损，引起继发感染，加重病情，还可能使马拉色菌扩散到其他部位。
特殊人群注意事项
儿童患者：儿童患马拉色菌毛囊炎时，使用抗真菌药物要格外谨慎。一般不建议儿童自行使用口服抗真菌药，外用药物也需要在医生指导下选择温和、合适的药物，并且要密切观察用药后的反应。孕妇患者：孕妇患马拉色菌毛囊炎时，外用药物相对更安全一些。但口服抗真菌药一般不建议使用，因为可能会对胎儿产生影响，需要医生根据具体情况评估后选择合适的治疗方式，尽量选择对胎儿影响较小的治疗手段。