停经三个月后又来月经可能是以下原因引起的：
1.内分泌失调：如果女性长期处于精神紧张、焦虑、压力过大或作息不规律等状态，可能会导致内分泌失调，影响激素水平，从而出现月经紊乱。此外，一些疾病，如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，也可能导致内分泌失调，引起停经后再来月经。
2.怀孕：如果女性在停经后有过性生活，应首先排除怀孕的可能。怀孕后，卵巢会停止排卵，子宫内膜也不会再脱落，从而导致停经。但在怀孕早期，可能会出现阴道出血，类似于月经来潮，容易被忽视。如果怀疑自己怀孕，可以通过验孕棒或早孕试纸进行检测，或者到医院进行血液检查和B超检查，以明确诊断。
3.其他妇科疾病：一些妇科疾病，如子宫内膜息肉、子宫肌瘤、宫颈癌等，也可能导致停经后再来月经。这些疾病可能会影响子宫内膜的正常生长和脱落，导致月经异常。此外，一些全身性疾病，如甲状腺功能亢进、肾上腺皮质功能减退等，也可能影响卵巢功能，导致月经失调。
需要注意的是，停经三个月后又来月经可能是多种原因引起的，也可能是一些严重疾病的信号。因此，如果出现这种情况，建议及时就医，进行全面的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。