一、胚胎因素
胚胎染色体异常是导致三个月胎停的重要原因，约50%-60%的早期流产与胚胎染色体数目或结构异常相关。例如，夫妻双方若存在染色体数目或结构的异常，有可能遗传给胚胎，从而影响胚胎正常发育进程。
二、母体因素
（一）内分泌失调
黄体功能不全较为常见，会使孕激素分泌不足，子宫内膜容受性受影响，不利于胚胎着床与发育。甲状腺功能异常也会产生影响，甲状腺功能减退或亢进均可能干扰胚胎发育所需的内分泌环境，进而增加胎停风险。
（二）自身免疫性疾病
如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内的自身抗体可攻击胎盘组织，影响胎盘血供，致使胚胎因营养及氧供不足而发生胎停。
（三）感染因素
孕期感染弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒等病原体，病原体可通过胎盘感染胚胎，引发炎症反应，破坏胚胎正常发育的微环境，导致胎停。
（四）子宫解剖结构异常
子宫畸形，像纵隔子宫，会改变子宫腔形态，阻碍胚胎正常生长空间，影响胚胎着床与发育，增加胎停几率。
三、生活方式因素
长期吸烟、酗酒会对生殖系统产生不良影响，烟草中的尼古丁等成分及酒精都会干扰胚胎发育过程；过量接触有毒有害物质，如苯、甲醛等，这些物质可损伤胚胎细胞，破坏胚胎发育的稳定性，提升胎停发生的可能性。
四、年龄因素
高龄孕妇（一般指35岁以上），随着年龄增长，卵子质量下降，染色体异常的几率升高，使得胎停发生率相对较高。
五、既往病史因素
有多次流产病史的女性，再次怀孕时胎停概率会增加，可能与多次流产对子宫及生殖系统造成的损伤、免疫状态改变等多种因素相关。