新生儿呕吐的病因较多，其中喂养不当较为常见，比如喂奶过快、奶量过多等情况，约有20% - 30%的新生儿呕吐是因喂养不当引起。
一、消化系统自身因素
1. 先天性消化道畸形
食管闭锁： 这是较为严重的先天性消化道畸形，约占新生儿消化道畸形的1/3 - 1/2。患儿出生后不久就会出现唾液增多，频繁呕吐，呕吐物呈白色泡沫状，类似唾液，且喂奶后呕吐加重。先天性幽门肥厚性狭窄： 多在出生后2 - 4周出现呕吐，为进行性加重的喷射性呕吐，呕吐物为奶汁和奶凝块，吐后患儿有强烈觅食欲望。
2. 消化不良
生理性消化不良： 新生儿胃肠功能发育不完善，若一次喂奶量过多，就可能出现呕吐，呕吐物量不多，一般不影响新生儿生长发育。病理性消化不良： 如新生儿感染了肠道病毒等，导致胃肠消化功能紊乱，除了呕吐，还可能伴有腹泻、腹胀等症状。
二、感染因素
1. 消化道感染
新生儿肺炎： 若新生儿患有肺炎，尤其是吸入性肺炎，炎症刺激可引起反射性呕吐，同时还伴有咳嗽、气促、发热等症状。新生儿败血症： 新生儿感染败血症后，细菌毒素可影响胃肠功能，出现呕吐，常伴有体温不稳定、拒奶、精神萎靡等表现。
2. 其他系统感染累及消化道
上呼吸道感染： 上呼吸道感染时，鼻腔分泌物增多，可倒流刺激咽部引起呕吐，一般还伴有鼻塞、流涕、打喷嚏等上呼吸道症状。
三、其他因素
1. 颅内病变
新生儿颅内出血： 多因产伤等引起，颅内出血后颅内压增高，可导致新生儿出现呕吐，常为喷射性，同时可能伴有前囟隆起、抽搐、意识障碍等。新生儿缺氧缺血性脑病： 胎儿在宫内或分娩过程中缺氧，可引起脑部病变，出现呕吐，还可能伴有意识改变、肌张力异常等。
2. 代谢紊乱
低血糖： 早产儿、低出生体重儿容易发生低血糖，血糖过低时可出现呕吐，还可能伴有多汗、震颤、面色苍白等。低血钙： 新生儿低血钙时也可能出现呕吐，同时可伴有惊跳、手足抽搐等症状。